Badania w grupie profesora Yang w UCL

Link: http://abacus.gene.ucl.ac.uk/research.html

Nasze badania w dziedzinie ewolucji molekularnej, systematyki genetyki molekularnej i populacji. Jesteśmy bardziej zainteresowani biologii obliczeniowej niż bioinformatyki, jeśli takie rozróżnienie nie istnieje.

Rozwijać modele statystyczne DNA lub wydzielania białek do stosowania w rekonstrukcji gatunków phylogenies, w rozumieniu mechanizmów ewolucji sekwencji cząsteczkowej. Mamy szerokie wykorzystanie maksymalnego prawdopodobieństwa Bayesa i metod, a także symulacji komputerowej.

Prawdziwe analiza danych jest również głównym zakładem w grupie, z detekcją adaptacyjnego ewolucji molekularnej i genomiki porównawczej naciskiem. Ci służy jako motywacji i rozproszenia dla więcej- prac teoretycznych.

Tematy badawcze różnią członkowie dołączyć i opuścić grupę, ale dodaje powinno dać dobrą próbkę bieżących interesów.

Bayesa oszacowanie phylogenies i dat rozbieżność.
To wiąże się z rozwijaniem Łańcuch Markowa algorytmy Monte Carlo oszacowania phylogenies molekularnych i gatunków dat rozbieżności za pomocą statystyki Bayesa. Więcej szczegółów na temat naszych badań w tym zakresie można znaleźć tutaj.

Modeli Markowa podstawienia kodonów i wykrywania adaptacyjnego ewolucji molekularnej.
Wiąże się to z opracowania modeli podstawienia kodonów do analizy porównawczej kodujących białka sequenecs DNA. Nonsynonymous stosunek / synonimem szybkość podstawienie takie zapewnia środek selektywnej presji na białku, które mogą być wykorzystane do wykrycia pozytywnych Darwinowską selekcji działającego w sekwencji białka.

Algorytmy MCMC poniżej modeli koalescencyjnych.
Wiąże się to z rozwojem algorytmów MCMC Bayesa do analizy próbek populacji z wielu loci z różnymi typami danych (takich jak sekwencje i mikrosatelitarnych), w celu uwzględnienia modeli demograficznych i migracji ludności.

Analizy genomów wirusowych i ssaków porównawczych.
Projekt ten ma na celu przeprowadzenie porównań całego genomu w celu identyfikacji zmian w selektywnej presji po duplikacji genu lub gatunku rozbieżności lub po transmisji wirusa do nowego gospodarza.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *