Origami & Protein Relaterade Länkar

Link: http://www.stolaf.edu/people/hansonr/mo/work.html

att Få data

 

  • Molekylär Origami får de flesta av sina geografiska koordinater från Brookhaven National Laboratory ‘ sProtein Data Bank
    En Kort Beskrivning av Protein Data Bank –
    “Det Protein Data Bank (PDB) är ett arkiv av experimentellt bestämmas tredimensionella strukturer av biologiska makromolekyler, som serverar en global gemenskap av forskare, lärare och studenter. Arkiven innehåller atomic koordinater, bibliografiska citeringar, primär och sekundär struktur i information, samt kristallografiska struktur faktorer och NMR experimentella data. Det preliminära BUDGETFÖRSLAGET Nyhetsbrev och CD-ROM publiceras kvartalsvis. Förslaget är också stöds av en kombination av Federal myndighet medel och avgifter. Support tillhandahålls av US National Science Foundation, USA Offentliga Hälso-och sjukvården, National Institutes of Health, National Center for Research Resources, National Institutes of General Medical Sciences, National Library of Medicine, och US Department of Energy enligt avtal DE-AC02-76CH00016 och avgifter.”
  • ExPASy – Expert Protein Analys Honstammen.
    Detta är en molekylär biologi servern underhålls av Genève universitetssjukhuset och Universitetet i Genève och “, som ägnas åt analys av protein och nukleinsyresekvenser.” Denna server har ett sök som heter ENZYMET som gör det möjligt för en sökning för att hitta alla möjliga namn för en viss förening. Swiss-Prot är ett protein sequence database inom ExPASy. Det är också en molekylär visa program som heter Swiss 3Dimage. Med detta program kan du titta på en tvådimensionell bild av ett protein som är färgad och skuggade för att visas i 3D. Den SCHWEIZISK-MODELL Arkiv är “En databas som automatiskt genererade protein modeller.” Den varnar dig för att det är automatiserade uppgifter kan det inte vara helt tillförlitlig. Arbeta med uppgifter som vi hittade några bond-avstånd på 170 pm när de borde ha varit mer som 130 pm. Totalt sett är dock nästan alla uppgifter verkar vara korrekt. Koordinaterna skrivs mycket liknande till Brookhaven det preliminära BUDGETFÖRSLAGET filer och är också läsas av Molekylära Origami.
  • Cambridge Kristallografiska Data Centrum är en plats som kostar $800 per år att hyra och har över 160.000 kristallstrukturer.
  • en Annan webbplats för att få koordinaterna för mindre molekyler är Indiana University Molekylära Strukturen i Centrum.
    Här när du skriver en söksträng måste du ange det fullständiga namnet (exa. järn eller Järn i stället för Fe).
    Se till att kolla in Java molekylär modellering.


    Hur de får sina uppgifter

    Forskare från hela världen att lägga fram geografiska koordinater till de olika databaserna. Forskarna få dessa koordinater främst genom röntgenkristallografi eller ‘NMR interproton avstånd begränsningar
    Mycket av den PRELIMINÄRA data koordinater har erhållits med hjälp av ett program som heter > X-PLOR som var skriven av Axel Brünger.


    Nedladdningar från andra webbplatser

  • Ladda RasMol är ett program skrivet av Roger Sayle av Glaxo Wellcome.
    RasMol Bruksanvisningen ligger på nätet.
  • Klocka som används för att visa 2D-och 3D-molekyler.
  • Ett program som heter PovChem ser ut som det är mycket liknande till vad Bob och jag arbetar på. Jag har inte fått en chans att spela med det ännu eftersom det kräver ray tracer ladda ner. Jag har fått att arbeta med det ursprungliga gränssnittet och det är inte mycket användarvänlig.

    > Protein Info

  • OWL databas
    UGGLAN databasen är ett protein sekvens databas sammanställa följande källa databaser:

    1. SWISSPROT Bairoch, A. & Boeckman, B. (1991)
    2. PIR(1-3) Sidman, K., George, D., Barker, W. * Jaga, L. (1988)
    3. GenBank översättningar Benson, D, Lipman, D., & Ostell, J. (1993)
    4. NRL-3D Pattabiraman N., Lowrey, A., Gaber, B., George,D. G. & Barker,W. C. (1989)

    Du kan ange PDB kod för de flesta proteiner (Swissprot känner igen dem) och få tillbaka en kort 1-2 sidor lång sammanfattning av relevanta referenser, en förklaring av dess funktion, och en bild av det.

  • PubMed i texten filer av proteiner hämtat från Brookhaven är referenser till publikationer. De flesta tidningar har 1-2 punkt abstrakt ligger på PubMed server. PubMed är en gren av The Nationella Center för Bioteknik Information referenser inom det preliminära BUDGETFÖRSLAGET filer ser ut så här:
    “http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Entrez/query?db=m&form=6&dopt=r&uid=85264810”
    Där 8-siffrig kod på slutet är det enda som skiljer sig i alla referenser.
  • SKP – Strukturell Klassificering av Proteiner
    “Nästan alla proteiner har strukturella likheter med andra proteiner och, i vissa av dessa fall, som delar ett gemensamt evolutionärt ursprung. Den scop databas, som skapats av manuell kontroll och stöd av ett batteri av automatiserade metoder, som syftar till att ge en detaljerad och uttömmande beskrivning av de strukturella och evolutionära släktskap mellan proteiner, vars struktur är känd. Som sådan, det ger en bred genomgång av alla kända protein veck, detaljerad information om nära släktingar till någon särskilt protein, och ett ramverk för framtida forskning och klassificering.”


    Origami Relaterade Webbplatser

    Geodesics och OrigamiDenna webbplats gör ett “samband mellan modulär origami och geodetiska principer.” Du har en struktur vars komponenter är i spänning och komprimering.

    Molekylär Origami med hänvisning till den pågående av proteiner. I en verklig origami papper struktur som du kan veckla ut den och tala med veck exakt hur man viker upp den igen. Den här sidan ägnas åt att göra samma sak med proteiner för att lära sig om hur de vika ihop och veckla ut, ett ämne som ännu inte förstått.

    Origami Konst – En essä om origami som en konst och en matematisk vetenskap.


    Relaterade Webbplatser

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *